En 1914, la nièce de Flaubert, Caroline Franklin Grout, a fait don à la Bibliothèque municipale de Rouen des manuscrits des deux romans normands de son oncle : Madame Bovary et Bouvard et Pécuchet. Depuis, d’autres manuscrits sont venus enrichir le fonds, qui comporte en outre des dossiers iconographiques et un fichier très fourni d’ouvrages de et sur Flaubert. Dans l’escalier menant à la salle de lecture, un portrait de Flaubert peint par Baudouin.
La consultation des manuscrits originaux est possible, sous réserves, après demande écrite adressée au conservateur. Certains documents microfilmés ou numérisés sont intégralement mis à la disposition des lecteurs.